Genius 2X SYBR Green Schnelle qPCR

Abstrakt
Viele Viren wurden mit dem Runting and Stunting Syndrome (RSS) in Verbindung gebracht. Diese Virusinfektionen betreffen hauptsächlich junge Hühner und verursachen Apathie, Depressionen, zerzauste Federn, Klumpenbildung und Durchfall. Hühner-Parvovirus (ChPV) ist eine solche Infektion und wurde weltweit bei Hühnern nachgewiesen, die Anzeichen von Darmerkrankungen zeigten. Daher zielt die vorliegende Studie darauf ab, einen sensitiven Echtzeit-Schnell-qPCR-Assay auf Basis von SYBR Green zum Nachweis und zur Quantifizierung von ChPV zu entwickeln.

Ein 561-bp-nichtstrukturelles (NS)-Gen wurde amplifiziert und kloniert, und ein Primerpaar wurde basierend auf konservierten Nukleotidsequenzen auf dem NS-Gen von ChPV entworfen, das interkalierende DNA-Reagenz SYBR Green wurde verwendet und der Fast-Modus von Es wurde ein Thermocycler verwendet. Der Assay weist 109 bis 101 Kopien des Genoms (CG) nach. Die Nachweisgrenze (LoD) wurde auf fünf CG und die Bestimmungsgrenze (LoQ) auf zehn CG geschätzt. Die Effizienz der Standardkurve betrug 101,94 %, und die Schmelzkurve zeigte einen einzigartigen sauberen Peak und eine Schmelztemperatur von 79,3 °C. Der Assay war spezifisch für die Amplifikation des ChPV-NS-Gens, und es wurde keine Amplifikation von anderen viralen Genomen oder in den Negativkontrollen gezeigt. Insgesamt wurden 141 Proben mit dem Assay getestet, von denen 139 Proben positiv befunden wurden. Der höchste CG-Wert von ChPV betrug 5,7 × 10 6 CG/μL DNA ohne offensichtliche klinische Anzeichen einer enterischen Störung, und 4,6 × 10 6 CG/μL DNA wurden bei Hühnern mit RSS nachgewiesen.

Einführung

Das Runting-Stunting-Syndrom (RSS) ist ein Erreger, der junge, eine Woche alte Küken befällt und eine schlechte Futterverwertung, Wachstumsverzögerung, Zwergwuchs, Keulung und Sterblichkeit verursacht [1,2,3].

  • Im Allgemeinen zeigen die Küken Depressionen, Apathie, zerzauste Federn, Kloakenverklebungen und die charakteristischsten Anzeichen, Durchfall und Unsicherheit [3,4].
  • Die ätiologischen Erreger im Zusammenhang mit RSS bleiben unbekannt; Es wurden jedoch viele Viren entdeckt und als Erreger der Krankheit in Verbindung gebracht, darunter Astroviren, Coronaviren, Rotaviren, Reovirus, Parvovirus und andere [5,6,7,8,9,10].
  • Parvovirus ist ein viraler Erreger, der viele Tiere befällt, darunter Säugetiere wie Kühe, Hunde, Katzen, Ratten und Fledermäuse [11]. Viele experimentelle Infektionen wurden mit isolierten enterischen Viren wie Astrovirus, Vogelnephritisvirus (ANV), Rotavirus und Chicken Parvovirus (ChVP) durchgeführt, um die Pathogenese von RSS aufzuklären [6,12,13].
  • Diese Studien haben ergeben, dass ChPV ein ätiologisches Agens im Zusammenhang mit RSS sein könnte und als Hauptverursacher dieser Darmerkrankung angesehen werden könnte [3,14].
  • Zusätzlich verursacht ChPV bei Barbarie-Enten die Derzsy-Krankheit [15].
  • Bei Hühnern war es mit einer Krümmung der Zwölffingerdarmschlinge, Pankreasatrophie und Mesenteritis verbunden [16], und es wurde bei Hühnern und Puten mit Anzeichen von Darmerkrankungen und bei scheinbar gesunden Tieren nachgewiesen [17,18,19].

ChPV ist ein unbehülltes, doppelsträngiges DNA-Virus mit positivem Sinn, von dem erstmals berichtet wurde, dass es Darmstörungen bei 10 Tage alten Küken verursacht [4].

Danach wurden viele andere Studien durchgeführt, um die Rolle von ChPV bei enterischen Erkrankungen, Durchfall und anderen enterischen Manifestationen aufzuklären [3,13]. Das vollständig zusammengesetzte ChPV-Genom hat eine Länge von 5275 bp und ist im nichtstrukturellen (NS) Gen organisiert, das ein nichtstrukturelles Protein kodiert und ORF1 und ORF2 enthält, die Proteine, die an der viralen Replikation beteiligt sind; die VP1- und VP2-Gene, die die Strukturproteine ​​codieren, aus denen das virale Kapsid besteht, und das NP1-Gen, das ORF3 enthält, das sich zwischen ORF1 und ORF2 befindet [20]. Basierend auf den Sequenzen dieser Gene wurden ein PCR-Endpunkt und Echtzeit-PCR (qPCR)-Assays zur Identifizierung von ChPV entwickelt [21]. Die Mehrzahl dieser Assays konzentrierte sich auf das NS-Gen [8,22,23], da es das am stärksten konservierte Gen in ChPV ist. Der erste entwickelte PCR-Assay wurde von Zsak et al. [8], wo die Primer eine konservierte Region des NS-Gens flankierten, und derzeit wurden zwei qPCR-Assays basierend auf derselben NS-Region entwickelt [22]. Ein weiterer qPCR-Assay wurde entwickelt, um einen Teil der VP2-Genregion zu amplifizieren [21]. Alle diese Assays zeigten eine hohe Sensitivität für den Nachweis und die Quantifizierung von ChPV. In den brasilianischen Hühnerherden wurden in den letzten Jahren viele RSS-Ausbrüche gemeldet, bei denen ChPV nachgewiesen und das NS-Gen sequenziert wurde, was bestätigte, dass die Sequenzen zu ChPV gehörten, wodurch das Virus bereits bei jungen und alten Hühnern identifiziert wurde erster Tag der Infektion [9,16,24,25,26]. Enterische Erkrankungen verursachen wirtschaftliche Verluste bei Geflügel, den Wertverlust von Geflügelbeständen und eine erhöhte Anfälligkeit für andere Krankheiten, daher sollte ein schneller, wirksamer, erschwinglicher und zuverlässiger Assay für die Diagnose des ätiologischen Erregers standardisiert werden [27,28,29].

Genious 2X SYBR Green Fast qPCR Mix

RK21204 Abclonal 1 mL Ask for price

Genious 2X SYBR GREEN FAST qPCR MIX (No ROX)

RK21205 Abclonal 1 ml Ask for price

2X Universal SYBR Green Fast qPCR Mix

RK21203 Abclonal 1 mL Ask for price

2x SYBR Green qPCR Master Mix

B21202 Bimake 5 mL 224 EUR

2x SYBR Green qPCR Master Mix

B21203 Bimake 25 mL 856 EUR

Genious 2X SYBRGREEN FAST qPCR MIX (Low ROX)

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2x SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)

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2x SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)

B21702 Bimake 5 ml 224 EUR

2x SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)

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ig SYBR Green qPCR 2X Master Mix - 500 Reactions

3356 Intact Genomics 1/EA 288 EUR

SYBR Green qPCR Master Mix

HY-K0501 MedChemExpress 5 mL (500 rxns) 263 EUR

Ultra SYBR Green qPCR Master Mix (2X, with ROX I)

W2601-1 101Bio - Ask for price

Ultra SYBR Green qPCR Master Mix (2X, with ROX I)

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SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)

HY-K0521 MedChemExpress 1 mL (100 rxns) 113 EUR

SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)

HY-K0522 MedChemExpress 5 mL (500 rxns ) 257 EUR

SYBR Green qPCR Master Mix (No ROX)

HY-K0523 MedChemExpress 5 mL (500 rxns ) 257 EUR

AceQ qPCR SYBR® Green Master Mix

Q111-02 Vazyme 500 rxn (20 μl/rxn) 221 EUR

AceQ qPCR SYBR® Green Master Mix

Q111-03 Vazyme 2500 rxn (20 μl/rxn) 646 EUR

Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBR Green

FYT103-100P Yeastern Biotech 100 Preps 1.25 ml Ask for price

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ABScript II One Step SYBR Green RT-qPCR Kit

RK20404 Abclonal 10 RXN Ask for price

SYBR Green I

B1747-25 Biovision 1164 EUR

SYBR Green I

B1747-5 Biovision 387 EUR

Green qPCR SuperMix

20-abx098031 Abbexa
  • 1038.00 EUR
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  • 1 ml
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EZSolution? SYBR Green I

B1748-1 Biovision 620 EUR

EZSolution? SYBR Green I

B1748-500 Biovision 430 EUR

OPTIONAL GREEN FILTER (572NM)

GDBL-GREEN CORNING 1/pk 1052 EUR

Genious 2X SYBRGREEN FASTqPCR MIX (High ROX)

RK21207 Abclonal 1 ml Ask for price

Fast Green FCF

FB0452 Bio Basic 5g 55.22 EUR

Fast Green FCF

HY-D0914 MedChemExpress 500mg 108 EUR

Fast Green FCF

abx082188-5g Abbexa 5 g 203 EUR

Fast Green Solution

FGN125 ScyTek Laboratories 125 ml 66 EUR

Fast Green Solution

FGN500 ScyTek Laboratories 500 ml 96 EUR

Fast Green Solution

FGN999 ScyTek Laboratories 1000 ml 124 EUR

Green qPCR SuperMix UDG

20-abx098032 Abbexa
  • 1135.00 EUR
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Top Green qPCR SuperMix

20-abx098033 Abbexa
  • 829.00 EUR
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  • 1135.00 EUR
  • 411.00 EUR
  • 15 ml
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  • 25 ml
  • 5 ml

Tip Green qPCR SuperMix

20-abx098034 Abbexa
  • 968.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1330.00 EUR
  • 467.00 EUR
  • 15 ml
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AceQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q511-02 Vazyme 500 rxn (20 μl/rxn) 221 EUR

AceQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q511-03 Vazyme 2500 rxn (20 μl/rxn) 646 EUR

ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q711-02 Vazyme 500 rxn (20 μl/rxn) 221 EUR

ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q711-03 Vazyme 2500 rxn (20 μl/rxn) 646 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-iC ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-iC-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 376 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-KC ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 140 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-KR ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 140 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-P ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-PC ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-Multiplex

MasterMix-PM ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-R ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-R-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 376 EUR

LncRNA Profiler Complete qPCR Array Kit (cDNA synthesis kit, qPCR array and SYBR Green reagent) 20 profiles

RA910A-1 SBI 20 profiles 1108 EUR

25G Fast Green FCF

NAT1348 National Diagnostics 25G 160 EUR

Methylamp MS-qPCR Fast Kit

P-1028 EpiGentek 200 Reactions 496.6 EUR

miRNA Universal SYBR® qPCR Master Mix

MQ101-01 Vazyme 125 rxn(20 μl/rxn) 138 EUR

miRNA Universal SYBR® qPCR Master Mix

MQ101-02 Vazyme 500 rxn(20 μl/rxn) 242 EUR

Entrans 2X qPCR Probe Master Mix

RK21208 Abclonal 40 RXN Ask for price

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-EC ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-ER ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-KL ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 140 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-KS ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-LR ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-LR-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 376 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-PL ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-PS ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-S ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-S-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 376 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-100G Glentham Life Sciences 100 g 229 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-10G Glentham Life Sciences 10 g 62 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-25G Glentham Life Sciences 25 g 94 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-5G Glentham Life Sciences 5 g 54 EUR

SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain

HY-K1004 MedChemExpress 100 μL 113 EUR

Top Green qPCR SuperMix (+Dye II)

20-abx098890 Abbexa
  • 829.00 EUR
  • 217.00 EUR
  • 1135.00 EUR
  • 411.00 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
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Tip Green qPCR SuperMix (+Dye II)

20-abx098891 Abbexa
  • 968.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 1330.00 EUR
  • 467.00 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 25 ml
  • 5 ml

One.Step RT-qPCR Probe Kit (2X concentrated)

105-500 GeneOn 2 x 1,25 ml 458 EUR

One.Step RT-qPCR Probe Kit (2X concentrated)

105-502 GeneOn 10 x 1,25 ml 1719 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-EL ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-ES ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 140 EUR

PLATEMAX ULTRA CLEAR PERMANENT HEAT SEALING FILM FOR QPCR, 100/500

HS-100-QPCR CORNING 100/pk 318 EUR

PLATEMAX ULTRA CLEAR PEELABLE HEAT SEALING FILM FOR QPCR. 100/500

HS-150-QPCR CORNING 100/pk 318 EUR

Green-2-Go qPCR Mastermix (500X20ul Rxn)

QPCR004-S Bio Basic 4X1.25ml 252.71 EUR

Cyber Green™ [Equivalent to SYBR® Green] *20X Aqueous PCR Solution*

17591 AAT Bioquest 5x1 ml 219 EUR

Cyber Green™ [Equivalent to SYBR® Green] *10,000X Aqueous PCR Solution*

17592 AAT Bioquest 1 ml 876 EUR

HotStart PCR Master mix (2X, Green Dye)

BS9291 Bio Basic 5X1mL, 5ml 209.5 EUR

HotStart PCR Master mix (2X, Green Dye)

BS9292 Bio Basic 1ml 96.4 EUR

Safe-Green™ 2X PCR Taq MasterMix

G472 ABM 5.0 ml (200 Rxns) 106 EUR

Fast Pro QPCR SuperMix Kit - ROX premixed

K5058200 Biochain 200 reactions 211 EUR

Fast Pro QPCR SuperMix Kit - ROX premixed

K5058400 Biochain 400 reactions 320 EUR

One.Step RT-qPCR Kit with EvaGreen (2X concentrated)

105-520 GeneOn 2 x 1,25 ml 458 EUR

One.Step RT-qPCR Kit with EvaGreen (2X concentrated)

105-522 GeneOn 10 x 1,25 ml 1719 EUR

One.Step RT-qPCR with EvaGreen / HighROX (2X concentrated)

105-530 GeneOn 2 x 1,25 ml 427 EUR

One.Step RT-qPCR with EvaGreen / HighROX (2X concentrated)

105-532 GeneOn 10 x 1,25 ml 1652 EUR

HiScript II One Step qRT-PCR SYBR Green Kit

Q221-01 Vazyme 100 rxn (50 μl/rxn) 330 EUR

Green-2-Go qPCR Mastermix-ROX (500X20ul Rxn)

QPCR001-R Bio Basic 4X1.25ml 252.71 EUR

Green-2-Go qPCR Mastermix-iCycler (500X20ul Rxn)

QPCR003-iC Bio Basic 4X1.25ml 252.71 EUR

Sirius Red/Fast Green Collagen Staining Kit

9046 Chondrex 30-50 samples 137 EUR

Safe-Green™ 2X PCR Bestaq™ MasterMix

G478 ABM 5.0 ml (200 Rxns) 177 EUR

Fast EvaGreen Master Mix for qPCR(200 rxn)

31003 Biotium 2x1ML 204 EUR

Fast EvaGreen Master Mix for qPCR (500 rxn)

31003-1 Biotium 5x1ML 386 EUR

Fast EvaGreen Master Mix for qPCR (5000 rxn)

31003-2 Biotium 50x1ML 3116 EUR

In der vorliegenden Studie berichten wir über die Entwicklung eines hochempfindlichen Echtzeit-Schnell-qPCR-Assays auf Basis von SYBR® Green zum Nachweis und zur Quantifizierung von ChPV, der aufgrund seiner Kombination aus Zyklusschritten und schnelleren Temperaturänderungen schneller ist als andere aktuelle Assays , schnellere Enzyme und ist so empfindlich, dass sehr geringe Viruskonzentrationen im Darminhalt von Tieren mit oder ohne klinische Anzeichen einer Darmerkrankung nachgewiesen werden können.

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