Genius 2X SYBR Green Schnelle qPCR

Abstrakt
Viele Viren wurden mit dem Runting and Stunting Syndrome (RSS) in Verbindung gebracht. Diese Virusinfektionen betreffen hauptsächlich junge Hühner und verursachen Apathie, Depressionen, zerzauste Federn, Klumpenbildung und Durchfall. Hühner-Parvovirus (ChPV) ist eine solche Infektion und wurde weltweit bei Hühnern nachgewiesen, die Anzeichen von Darmerkrankungen zeigten. Daher zielt die vorliegende Studie darauf ab, einen sensitiven Echtzeit-Schnell-qPCR-Assay auf Basis von SYBR Green zum Nachweis und zur Quantifizierung von ChPV zu entwickeln.

Ein 561-bp-nichtstrukturelles (NS)-Gen wurde amplifiziert und kloniert, und ein Primerpaar wurde basierend auf konservierten Nukleotidsequenzen auf dem NS-Gen von ChPV entworfen, das interkalierende DNA-Reagenz SYBR Green wurde verwendet und der Fast-Modus von Es wurde ein Thermocycler verwendet. Der Assay weist 109 bis 101 Kopien des Genoms (CG) nach. Die Nachweisgrenze (LoD) wurde auf fünf CG und die Bestimmungsgrenze (LoQ) auf zehn CG geschätzt. Die Effizienz der Standardkurve betrug 101,94 %, und die Schmelzkurve zeigte einen einzigartigen sauberen Peak und eine Schmelztemperatur von 79,3 °C. Der Assay war spezifisch für die Amplifikation des ChPV-NS-Gens, und es wurde keine Amplifikation von anderen viralen Genomen oder in den Negativkontrollen gezeigt. Insgesamt wurden 141 Proben mit dem Assay getestet, von denen 139 Proben positiv befunden wurden. Der höchste CG-Wert von ChPV betrug 5,7 × 10 6 CG/μL DNA ohne offensichtliche klinische Anzeichen einer enterischen Störung, und 4,6 × 10 6 CG/μL DNA wurden bei Hühnern mit RSS nachgewiesen.

Einführung

Das Runting-Stunting-Syndrom (RSS) ist ein Erreger, der junge, eine Woche alte Küken befällt und eine schlechte Futterverwertung, Wachstumsverzögerung, Zwergwuchs, Keulung und Sterblichkeit verursacht [1,2,3].

  • Im Allgemeinen zeigen die Küken Depressionen, Apathie, zerzauste Federn, Kloakenverklebungen und die charakteristischsten Anzeichen, Durchfall und Unsicherheit [3,4].
  • Die ätiologischen Erreger im Zusammenhang mit RSS bleiben unbekannt; Es wurden jedoch viele Viren entdeckt und als Erreger der Krankheit in Verbindung gebracht, darunter Astroviren, Coronaviren, Rotaviren, Reovirus, Parvovirus und andere [5,6,7,8,9,10].
  • Parvovirus ist ein viraler Erreger, der viele Tiere befällt, darunter Säugetiere wie Kühe, Hunde, Katzen, Ratten und Fledermäuse [11]. Viele experimentelle Infektionen wurden mit isolierten enterischen Viren wie Astrovirus, Vogelnephritisvirus (ANV), Rotavirus und Chicken Parvovirus (ChVP) durchgeführt, um die Pathogenese von RSS aufzuklären [6,12,13].
  • Diese Studien haben ergeben, dass ChPV ein ätiologisches Agens im Zusammenhang mit RSS sein könnte und als Hauptverursacher dieser Darmerkrankung angesehen werden könnte [3,14].
  • Zusätzlich verursacht ChPV bei Barbarie-Enten die Derzsy-Krankheit [15].
  • Bei Hühnern war es mit einer Krümmung der Zwölffingerdarmschlinge, Pankreasatrophie und Mesenteritis verbunden [16], und es wurde bei Hühnern und Puten mit Anzeichen von Darmerkrankungen und bei scheinbar gesunden Tieren nachgewiesen [17,18,19].

ChPV ist ein unbehülltes, doppelsträngiges DNA-Virus mit positivem Sinn, von dem erstmals berichtet wurde, dass es Darmstörungen bei 10 Tage alten Küken verursacht [4].

Danach wurden viele andere Studien durchgeführt, um die Rolle von ChPV bei enterischen Erkrankungen, Durchfall und anderen enterischen Manifestationen aufzuklären [3,13]. Das vollständig zusammengesetzte ChPV-Genom hat eine Länge von 5275 bp und ist im nichtstrukturellen (NS) Gen organisiert, das ein nichtstrukturelles Protein kodiert und ORF1 und ORF2 enthält, die Proteine, die an der viralen Replikation beteiligt sind; die VP1- und VP2-Gene, die die Strukturproteine ​​codieren, aus denen das virale Kapsid besteht, und das NP1-Gen, das ORF3 enthält, das sich zwischen ORF1 und ORF2 befindet [20]. Basierend auf den Sequenzen dieser Gene wurden ein PCR-Endpunkt und Echtzeit-PCR (qPCR)-Assays zur Identifizierung von ChPV entwickelt [21]. Die Mehrzahl dieser Assays konzentrierte sich auf das NS-Gen [8,22,23], da es das am stärksten konservierte Gen in ChPV ist. Der erste entwickelte PCR-Assay wurde von Zsak et al. [8], wo die Primer eine konservierte Region des NS-Gens flankierten, und derzeit wurden zwei qPCR-Assays basierend auf derselben NS-Region entwickelt [22]. Ein weiterer qPCR-Assay wurde entwickelt, um einen Teil der VP2-Genregion zu amplifizieren [21]. Alle diese Assays zeigten eine hohe Sensitivität für den Nachweis und die Quantifizierung von ChPV. In den brasilianischen Hühnerherden wurden in den letzten Jahren viele RSS-Ausbrüche gemeldet, bei denen ChPV nachgewiesen und das NS-Gen sequenziert wurde, was bestätigte, dass die Sequenzen zu ChPV gehörten, wodurch das Virus bereits bei jungen und alten Hühnern identifiziert wurde erster Tag der Infektion [9,16,24,25,26]. Enterische Erkrankungen verursachen wirtschaftliche Verluste bei Geflügel, den Wertverlust von Geflügelbeständen und eine erhöhte Anfälligkeit für andere Krankheiten, daher sollte ein schneller, wirksamer, erschwinglicher und zuverlässiger Assay für die Diagnose des ätiologischen Erregers standardisiert werden [27,28,29].

Genious 2X SYBR Green Fast qPCR Mix

RK21204 Abclonal 1 mL Ask for price

Genious 2X SYBR GREEN FAST qPCR MIX (No ROX)

RK21205 Abclonal 1 ml Ask for price

2X Universal SYBR Green Fast qPCR Mix

RK21203 Abclonal 1 mL Ask for price

2x SYBR Green qPCR Master Mix

B21202 Bimake 5 mL 268.8 EUR

2x SYBR Green qPCR Master Mix

B21203 Bimake 25 mL 1027.2 EUR

Genious 2X SYBRGREEN FAST qPCR MIX (Low ROX)

RK21206 Abclonal 1 ml Ask for price

2x SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)

B21402 Bimake 5 ml 268.8 EUR

2x SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)

B21403 Bimake 25 ml 1027.2 EUR

2x SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)

B21702 Bimake 5 ml 268.8 EUR

2x SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)

B21703 Bimake 25 ml 1027.2 EUR

Ultra SYBR Green qPCR Master Mix (2X, with ROX I)

W2601-1 101Bio - Ask for price

Ultra SYBR Green qPCR Master Mix (2X, with ROX I)

W2601-5 101Bio - Ask for price

SYBR Green qPCR Master Mix

HY-K0501 MedChemExpress 5 mL (500 rxns) 315.6 EUR

Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBR Green

FYT103-100P Yeastern Biotech 100 Preps 1.25 ml Ask for price

Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBR Green

FYT103-400P Yeastern Biotech 400 Preps 1.25 ml x 4 Ask for price

SYBR Green qPCR Master Mix (High ROX)

HY-K0521 MedChemExpress 1 mL (100 rxns) 135.6 EUR

SYBR Green qPCR Master Mix (Low ROX)

HY-K0522 MedChemExpress 5 mL (500 rxns ) 308.4 EUR

SYBR Green qPCR Master Mix (No ROX)

HY-K0523 MedChemExpress 5 mL (500 rxns ) 308.4 EUR

AceQ qPCR SYBR® Green Master Mix

Q111-02 Vazyme 500 rxn (20 μl/rxn) 265.2 EUR

AceQ qPCR SYBR® Green Master Mix

Q111-03 Vazyme 2500 rxn (20 μl/rxn) 775.2 EUR

SYBR Green I

B1747-25 Biovision 1396.8 EUR

SYBR Green I

B1747-5 Biovision 464.4 EUR

ABScript II One Step SYBR Green RT-qPCR Kit

RK20404 Abclonal 10 RXN Ask for price

EZSolution? SYBR Green I

B1748-1 Biovision 744 EUR

EZSolution? SYBR Green I

B1748-500 Biovision 516 EUR

Genious 2X SYBRGREEN FASTqPCR MIX (High ROX)

RK21207 Abclonal 1 ml Ask for price

OPTIONAL GREEN FILTER (572NM)

GDBL-GREEN CORNING 1/pk 1262.4 EUR

SYBR Dye qPCR Calibration Plate *Optimized for ABI7500 Fast 96-Well*

67008 AAT Bioquest 1 Plate 97 EUR

Fast Green FCF

FB0452 Bio Basic 5g 66.26 EUR

Fast Green Solution

FGN125 ScyTek Laboratories 125 ml 79.2 EUR

Fast Green Solution

FGN500 ScyTek Laboratories 500 ml 115.2 EUR

Fast Green Solution

FGN999 ScyTek Laboratories 1000 ml 148.8 EUR

Fast Green FCF

abx082188-5g Abbexa 5 g 243.6 EUR

Fast Green FCF

HY-D0914 MedChemExpress 500mg 129.6 EUR

Green qPCR SuperMix

20-abx098031 Abbexa
  • 1245.60 EUR
  • 526.80 EUR
  • 760.80 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 5 ml

AceQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q511-02 Vazyme 500 rxn (20 μl/rxn) 265.2 EUR

AceQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q511-03 Vazyme 2500 rxn (20 μl/rxn) 775.2 EUR

ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q711-02 Vazyme 500 rxn (20 μl/rxn) 265.2 EUR

ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix

Q711-03 Vazyme 2500 rxn (20 μl/rxn) 775.2 EUR

Bio-Star Mastermix with SYBR (2X) BLUE

Y220 GeneOn 100 rcs (2,5 ml) 112.8 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-iC ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-iC-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 451.2 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-KC ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 168 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-KR ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 168 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-P ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-PC ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-Multiplex

MasterMix-PM ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-R ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-R-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 451.2 EUR

25G Fast Green FCF

NAT1348 Scientific Laboratory Supplies 25G 150.48 EUR

Green qPCR SuperMix UDG

20-abx098032 Abbexa
  • 1362.00 EUR
  • 543.60 EUR
  • 794.40 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 5 ml

Top Green qPCR SuperMix

20-abx098033 Abbexa
  • 994.80 EUR
  • 260.40 EUR
  • 1362.00 EUR
  • 493.20 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 25 ml
  • 5 ml

Tip Green qPCR SuperMix

20-abx098034 Abbexa
  • 1161.60 EUR
  • 276.00 EUR
  • 1596.00 EUR
  • 560.40 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 25 ml
  • 5 ml

LncRNA Profiler Complete qPCR Array Kit (cDNA synthesis kit, qPCR array and SYBR Green reagent) 20 profiles

RA910A-1 SBI 20 profiles 1329.6 EUR

Bio-Star Mastermix with SYBR (2X) no dye

Y210 GeneOn 100 rcs (2,5 ml) 106.8 EUR

Bio-Star Mastermix with SYBR (2X) High-ROX

Y240 GeneOn 100 rcs (2,5 ml) 122.4 EUR

Bio-Star Mastermix with SYBR (2X) Low-ROX

Y250 GeneOn 100 rcs (2,5 ml) 122.4 EUR

Methylamp MS-qPCR Fast Kit 

P-1028-100 EpiGentek 100 Reactions 213.4 EUR

Methylamp MS-qPCR Fast Kit 

P-1028-200 EpiGentek 200 Reactions 380.6 EUR

Methylamp MS-qPCR Fast Kit 

P-1028 EpiGentek
  • 595.92 EUR
  • 213.40 EUR
  • 380.60 EUR
  • 200 Reactions
  • 100 Reactions
  • 200 Reactions

Fast Eva QPCR SuperMix Kit

K5052002 Biochain 200 rxn 188 EUR

miRNA Universal SYBR® qPCR Master Mix

MQ101-01 Vazyme 125 rxn(20 μl/rxn) 165.6 EUR

miRNA Universal SYBR® qPCR Master Mix

MQ101-02 Vazyme 500 rxn(20 μl/rxn) 290.4 EUR

TAQuest™ FAST qPCR Master Mix with Helixyte™ Green *No ROX*

17276 AAT Bioquest 1 mL 99 EUR

TAQuest™ FAST qPCR Master Mix with Helixyte™ Green *No ROX*

17277 AAT Bioquest 5 mL 308 EUR

TAQuest™ FAST qPCR Master Mix with Helixyte™ Green *Low ROX*

17278 AAT Bioquest 1 mL 99 EUR

TAQuest™ FAST qPCR Master Mix with Helixyte™ Green *Low ROX*

17279 AAT Bioquest 5 mL 308 EUR

TAQuest™ FAST qPCR Master Mix with Helixyte™ Green *High ROX*

17280 AAT Bioquest 1 mL 99 EUR

TAQuest™ FAST qPCR Master Mix with Helixyte™ Green *High ROX*

17281 AAT Bioquest 5 mL 308 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-iCycler

MasterMix-EC ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-ROX

MasterMix-ER ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-KL ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 168 EUR

KiloGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-KS ABM 4 x 1.25 ml - 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-LR ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-LR-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 451.2 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-PL ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

TaqProbe 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-PS ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-S ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-S-XL ABM 16 x 1.25 ml for 2000 reactions (20 ul) 451.2 EUR

Entrans 2X qPCR Probe Master Mix

RK21208 Abclonal 40 RXN Ask for price

SYBR Green I Nucleic Acid Gel Stain

HY-K1004 MedChemExpress 100 μL 135.6 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-100G Glentham Life Sciences 100 g 274.8 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-10G Glentham Life Sciences 10 g 74.4 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-25G Glentham Life Sciences 25 g 112.8 EUR

Fast Green FCF (C.I. 42053)

GT3407-5G Glentham Life Sciences 5 g 64.8 EUR

One.Step RT-qPCR Probe Kit (2X concentrated)

105-500 GeneOn 2 x 1,25 ml 549.6 EUR

One.Step RT-qPCR Probe Kit (2X concentrated)

105-502 GeneOn 10 x 1,25 ml 2062.8 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-Low ROX

MasterMix-EL ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

BrightGreen Express 2X qPCR MasterMix-No Dye

MasterMix-ES ABM 4 x 1.25 ml for 500 reactions (20 ul) 168 EUR

Morpheus HT-96 Green Screen

M-MD1-47-GREEN MiTeGen 96 x 1 ml ml 280 EUR

HotStart PCR Master mix (2X, Green Dye)

BS9291 Bio Basic 5X1mL, 5ml 251.4 EUR

HotStart PCR Master mix (2X, Green Dye)

BS9292 Bio Basic 1ml 115.68 EUR

Safe-Green™ 2X PCR Taq MasterMix

G472 ABM 5.0 ml (200 Rxns) 127.2 EUR

PLATEMAX ULTRA CLEAR PERMANENT HEAT SEALING FILM FOR QPCR, 100/500

HS-100-QPCR CORNING 100/pk 381.6 EUR

PLATEMAX ULTRA CLEAR PEELABLE HEAT SEALING FILM FOR QPCR. 100/500

HS-150-QPCR CORNING 100/pk 381.6 EUR

Cyber Green™ [Equivalent to SYBR® Green] *20X Aqueous PCR Solution*

17591 AAT Bioquest 5x1 ml 262.8 EUR

Cyber Green™ [Equivalent to SYBR® Green] *10,000X Aqueous PCR Solution*

17592 AAT Bioquest 1 ml 1051.2 EUR

Top Green qPCR SuperMix (+Dye II)

20-abx098890 Abbexa
  • 994.80 EUR
  • 260.40 EUR
  • 1362.00 EUR
  • 493.20 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 25 ml
  • 5 ml

Tip Green qPCR SuperMix (+Dye II)

20-abx098891 Abbexa
  • 1161.60 EUR
  • 276.00 EUR
  • 1596.00 EUR
  • 560.40 EUR
  • 15 ml
  • 1 ml
  • 25 ml
  • 5 ml

Fast Pro QPCR SuperMix Kit - ROX premixed

K5058200 Biochain 200 reactions 253.2 EUR

In der vorliegenden Studie berichten wir über die Entwicklung eines hochempfindlichen Echtzeit-Schnell-qPCR-Assays auf Basis von SYBR® Green zum Nachweis und zur Quantifizierung von ChPV, der aufgrund seiner Kombination aus Zyklusschritten und schnelleren Temperaturänderungen schneller ist als andere aktuelle Assays , schnellere Enzyme und ist so empfindlich, dass sehr geringe Viruskonzentrationen im Darminhalt von Tieren mit oder ohne klinische Anzeichen einer Darmerkrankung nachgewiesen werden können.

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